もともとは宇宙空間の探査に使われていた探査用科学母艦です。戦時に際しては、特殊武装で一般兵種をサポートする用途で使われています。
Science Vesselは、テクノロジーツリーがかなり発達しないと作れませんが、視界が広く、ディテクター能力があり、各種特殊効果が便利に使えるユニットです。Protossに対しては、EMPが非常に有効でが、Dark Archonが大の苦手です。Mind ControlやFeedbackのターゲットになりやすいので気をつけましょう。
Terranの移動可能なディテクターはこれしかないため、中盤以降は必須です。生産時間が長目なので、Starportは複数欲しいところです。直接的な攻撃手段はありませんが、Irradiateなどのいやらしい攻撃手段があるので、使いこなすと敵にとっては厄介なユニットです。ガスをかなり食うので、破壊されないように大事に使いましょう。

Defensive Matrixは、60秒間、HP250相当の防御シールドを対象ユニットの周りにかけるもので、対空防御の堅い敵陣に送るDropshipにかけたり、BattlecruiserやValkyrieなどのもともと硬いユニットにかけると効果的です。また、核投下時にディテクターに見つかったGhostにかけてやると、多少長生きするので核の成功率が高くなります。なお、MatrixをかけるとクロークしているGhostが見えてしまうので、最初からかけるのは得策ではありません。あくまでも見つかったときにかけましょう。
DefilerのPlagueを食らったユニットなど、ダメージを受けていて修理が必要なユニットにかけて、SCVで修理するまでの間もたせるのも良いでしょう。

EMP Shockwaveは、電磁波のパルスを発生させて、Protossのシールドや、各種族の特殊効果をもったユニットのエネルギーを0にする効果があり、HPのほとんどがシールドでできているArchonに撃ったり、Defiler、Queen、High Templarなどの特殊効果の怖いユニットを黙らせるのにも有効です。また、VesselでEMPをProtossの建物に撃ち、その後にGhostで核を落とすと、一撃で破壊できます。

Irradiateは、対象ユニットに高放射線を浴びせて、生体ユニットに30秒間に250のダメージを与え、そのユニット周辺のユニットにもダメージを与える特殊攻撃です。
IrradiateはZergに特に有効で、密集したZergユニットに撃ちこむと効果抜群です。特にMutaliskやGuardianなどの密集するユニットに撃つとかなりのダメージを与えることができます。また、HighTemplarや、Ghost、 Defiler、Queenなどのうるさいユニットを確実に殺すのにも便利です。 ただ、死ぬまでに多少時間がかかります。Irradiateは範囲ダメージがあるため、味方の硬いIrradiateが効かないユニットにかけ、敵の密集地帯に突入させて、触れた敵を殺しまくるという荒業も可能です。また、小うるさい直接攻撃ユニットに肉薄されているSiegeTankにかけるもの案外効果的。ただ、これをやっている間は、SCVで修理できません。

Terran
色々うるさい特殊効果をつかってくるので、WraithやValkyrieなどで見つけ次第破壊したいところです。YamatoGunだと一撃で粉砕できます。Vesselは移動速度がわりと速いので、地上ユニットで撃墜するのは難しいと思います。MarineとMedicが密集しているときに、MedicにIrradiateをかけられると非常に危険です。要注意。Medicの上をふらふら飛んで行くようなら、OpticalFlareをかけるのも効果的です。

Zerg
Irradiateが非常に厳しいため、見つけ次第破壊すべきです。Scourge二匹で撃墜できます。また、戦闘に参加せず、基地でクロークユニットよけに置いてあるようなVesselには、パラサイトすると良いでしょう。視界が広いし、敵のクロークユニットも見えるので一石二鳥です。Mutaliskなどで下手に撃墜しようとして近づくと、群の真中にIrradiateを撃たれたりして非常に危険です。なるだけScourgeで片付けたいものです。

Protoss
DarkArchonで料理できます。FeedBackでダメージを与えても良いし（VesselはHPが高いため、FeedBackでは死なない場合が多い） 一番良いのはMindControlでしょう。VesselのEMPと、FeedbackやMindControlでは、DarkArchonの方が射程が長いのです。CorsairやScoutで撃墜しても良いでしょう。EMPがあるため、Protossの天敵ではありますが、早めに接近を察知すれば、Protoss側が有利だと言えるのではないでしょうか。